Lokalizacja kopalni „Bogdanka” wymusza niezwykle staranną dbałość o środowisko. Cała infrastruktura kopalni oraz obszar górniczy „Puchaczów IV” otoczony jest terenami chronionymi. W najbliższym sąsiedztwie zlokalizowany jest Poleski Park Narodowy i Park Krajobrazowy Pojezierza Łęczyńskiego. Obszar górniczy od strony północnej obejmuje swoim zasięgiem niewielkie połacie otuliny wspomnianego parku krajobrazowego, a od strony północ-no-wschodniej – Poleski Obszar Chronionego Krajobrazu, od południowego wschodu zaś – Chełmski Obszar Chronionego Krajobrazu przechodzący w korytarz ekologiczny „Dolina Świnki”, biegnący równoleżnikowo w kierun-ku zachodnim do granicy zachodniej terenu górniczego, gdzie w okolicy Łęcznej łączy się z Nadwieprzańskim Parkiem Krajobrazowym.
Kopalnia nie stanowi ekologicznego za-grożenia ze względu na oddziaływanie na środowisko przyrodnicze. Prowadzony od ponad 25 lat monitoring umożliwił poznanie większości mechanizmów wpływu działalno-ści górniczej na stan przyrody w otoczeniu obszaru górniczego, zwłaszcza mechanizmy krążenia wód, przemieszczania się zanie-czyszczeń itp. Położone na północ od terenu górniczego obszary chronione przyrodniczo z uwagi na wyjątkowe walory wodno-torfo-wiskowe zmuszają do ograniczenie wpływu kopalni na hydrosferę oraz powierzchnię te-renu. Aby ograniczyć wpływ na środowisko kopalnia podjęła szereg przedsięwzięć, łącz-nie z wprowadzeniem Systemu Zarządzania Środowiskowego wg PN-EN ISO 14001. Jednak jak każda inna, duża czy mała kopalnia, „Bogdanka” oddziałuje na wszystkie elementy środowiska.

Kopalnia posiada jeden emitor zorganizowany emitujący pyły i gazy do powietrza, zlokalizowany w Zakładzie Ceramiki Budowlanej, w którym źródłami emisji gazów i pyłów do powietrza są: piec tunelowy do wypalania cegły oraz oddział przygotowania mieliwa.

Badania wykazały, że brak jest wpływu głębinowego odwadniania kopalni na stan wód powierzchniowych, zwłaszcza w strefie obszarów przyrody chronionej.

Zgodnie z ustawą o odpadach na przedsiębiorcy ciąży obowiązek odzysku i zagospodarowania powstających w zakładzie odpadów. Lubelski Węgiel „Bogdanka” S.A. posiada program gospodarki odpadami, które powstają na terenie zakładu.

Wpływ prowadzonej eksploatacji górniczej na powierzchnię ujawniał się w postaci osiadania terenu (w dwóch przypadkach zawodnionego). Osiadania powstały na użytkach zielonych, z licznymi śladami po eksploatacji torfu, kiedyś czasowo zalewanych przez wody roztopowe. Na Obszarze Górniczym „Puchaczów IV” powstały dwa zalewiska poeksploatacyjne: na północ od szybów głównych Pola Bogdanka na powierzchni ok. 100 ha oraz w rejonie Pola Nadrybie - ok. 30 ha.